Die Rekatholisierungsmaßnahmen steigerten sich bis zum Einsatz von Militär (Liechtensteiner Dragoner). Der Dresdener Akkord von 1621 brachte eine nur vorübergehende Entlastung. Nach dem Westfälischen Frieden 1648 hatten nur noch die Stadt Breslau und die Fürstentümer Liegnitz-Brieg-Wohlau und Münsterberg-Oels das Recht auf freie lutherische Religionsausübung. Glogau, Jauer und Schweidnitz erhielten "Friedenskirchen". Von 1653 bis 1654 wurden 656 Kirchen "reduziert", also rekatholisiert, 500 evangelische Pfarrer ausgewiesen, 1666 dann auch die Lehrer. Jesuiten übernahmen gezielt evangelische Schulen: 1625 Glogau, 1627 Troppau, 1629 Schweidnitz, Sagan und Hirschberg, 1649 Deutsch Wartenberg, 1668 Oppeln, 1670 Teschen und 1681 Brieg. Nach dem Tod des letzten Piasten von Liegnitz, Brieg und Wohlau im Jahr 1675 wurden bis zum Jahr 1700 den Evangelischen 109 von 241 Kirchen weggenommen. Um evangelischen Gottesdienst besuchen zu können, legten sie mitunter weite Wege zu den Grenz-, Zufluchts- und Friedenskirchen zurück, hielten sich an Buschprediger und Hausandacht.
Mit militärischem und europaweitem politischem Druck setzte Karl XII. von Schweden (1697-1718) ab 1707 die Altranstädter Konvention durch. Kaiser Joseph I. stimmte der Rückgabe von 125 Kirchen in Mittelschlesien und dem Bau von sechs Gnadenkirchen in Hirschberg, Militsch, Teschen, Freystadt, Sagan und Landeshut, 1737 auch für Groß Wartenberg zu. Die größte von ihnen, die Teschener Gnadenkirche, bot 8.000 Plätze. Die gröbsten Diskriminierungen wurden aufgehoben, größere Freiheit auch im Schulwesen zugestanden.
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Vor dem Einmarsch der Preußen (16. Dezember 1740) gab es in Schlesien etwa eine halbe Million Evangelische und etwa genauso viele Katholiken. Neben den Friedens- und Gnadenkirchen besaßen die Evangelischen aber nur noch 248 Kirchen in Mittelschlesien. Nur hier waren sie von der Verpflichtung frei, dem katholischen Ortspfarrer Stolgebühren zahlen zu müssen. Konsistorien bestanden in Breslau, Liegnitz, Brieg, Wohlau und Oels. Als Hüter der lutherischen Orthodoxie sahen diese im Pietismus eine Gefahr und wehrten ihn ab, mit der Folge, dass der im Bekenntnis gegen die katholische Kirche so beständige schlesische Protestantismus um 1740 theologisch hinter der Zeit zurückgeblieben war.