Die Vermählung erfolgte zu einer Zeit, als Theodoras Kaisertochter-Status für sie eher ein Nachteil war: Ihr Vater Kaiser Theodoros II. starb 1258. Ihm folgte formal sein einziger Sohn Iohannes IV., der aber noch ein Kind war und für den Michael aus der Palaiologen-Familie die Regentschaft führte. Michael hatte aber nur ein Ziel: selber Kaiser werden. Dazu musste er natürlich die Laskariden-Dynastie loswerden, und er versäumte wahrlich nicht viel Zeit: Bereits nach wenigen Monaten ließ er sich am 1.1.1259 selbst zum Kaiser proklamieren und krönen. Iohannes, der ohnehin nichts zu melden hatte, wurde 1261 abgesetzt, geblendet, eingesperrt und zum Mönch gemacht. Somit wurde er also für den Kaiserthron untauglich und konnte keine legitimen Nachkommen (=Erben) haben. Damit blieben aber noch Theodoros' Töchter: Zwei von ihnen (Eirene und Maria) waren bereits zu Lebzeiten ihres Vaters ordentlich vermählt worden. Theodora und ihre Schwester Eudokia (sowie vermutlich eine weitere Schwester) jedoch wurden nach dem Tod ihres Vaters vom neuen Machthaber Michael an wenig würdige Ehemänner verschleudert - vermutlich um zu vermeiden, dass ihm in deren Ehemännern oder Nachkommen Rivalen entstehen könnten.