Denisova-Mensch

rena8 schrieb:

Ich hätte bzgl. dieses "Höhengens" mit Menschen aus den Anden, Ostafrika, Alpen und anderen Bergbewohnern verglichen. Irgendwo meine ich gelesen zu haben, dass es in Südamerika Besonderheiten bei der Besiedlung nach Kolumbus gab, die man durch die Höhenlage erklärte.

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Offenbar ist diese Differenzierung von EPAS1 (HIF2α) Tibeter-typisch (Andenbevölkerung wird hier in der älteren Studie 2010 auch angesprochen):
Natural selection on EPAS1 (HIF2?) associated with low hemoglobin concentration in Tibetan highlanders
... nun mit dem Hinweis verbunden, sie stamme vom Denisowa-Menschen.
"our results suggest either that there is a genetic variant that is quite specific to the Tibetan population"

Den Hintergrund verstehe ich so, dass die auffällige Abgrenzung gegenüber Han-Chinesen nunmehr über eine Verbindung zum Denisova-Menschen erklärt wird, die Differenzierung also danach stattfand:
"Vermutlich geschah das, bevor sich die Populationen von Han-Chinesen und Tibetern voneinander trennten. Während es bei den Han-Chinesen dann fast vollständig wieder verloren ging, ermöglichte es den Tibetern die Besiedelung des Hochplateaus und wurde folglich bewahrt."

Neues von Pääbo&Co., diesmal weitere Untersuchungen zum Denisowa-Genom:

Nuclear and mitochondrial DNA sequences from two Denisovan individuals
Nuclear and mitochondrial DNA sequences from two Denisovan individuals. - PubMed - NCBI

"Denisovans, a sister group of Neandertals, have been described on the basis of a nuclear genome sequence from a finger phalanx (Denisova 3) found in Denisova Cave in the Altai Mountains. The only other Denisovan specimen described to date is a molar (Deni- sova 4) found at the same site. This tooth carries a mtDNA sequence similar to that of Denisova 3. Here we present nuclear DNA sequences from Denisova 4 and a morphological description, as well as mitochondrial and nuclear DNA sequence data, from another molar (Denisova 8) found in Denisova Cave in 2010. This new molar is similar to Denisova 4 in being very large and lacking traits typical of Neandertals and modern humans. Nuclear DNA sequences from the two molars form a clade with Denisova 3. The mtDNA of Denisova 8 is more diverged and has accumulated fewer substitutions than the mtDNAs of the other two specimens, suggesting Denisovans were present in the region over an extended period.

The nuclear DNA sequence diversity among the three Denisovans is comparable to that among six Neandertals, but lower than that among present-day humans."

Hi,

Es dürfte inzwischen jedem klar sein das Svante Pääbo nicht rum spinnt sondern ernst zu nehmen ist. Er hat den Denisova-Menschen klar vom HS und HN differenziert. Er hat dem DM nur deswegen keinen "Namen" gegeben weil er diese Art der Klassifizierung ablehnt. Die Gene des DM wurden eindeutig wieder gefunden, in den australischen, neuguineeischen und polynesischen Ureinwohnern.
In Westafrika gibt es Y-Gene die über 300.000 Jahre alt sind, bei den Männern dort. Wo kommen die her, wenn der HS erst 100.000 Jahre alt ist?
In Georgien gibt es 1,8 Millionen alte Menschenknochen (H. erectus). In Europa sind es 800.000 Jahre.
Out of Africa, mag sein aber nicht erst vor 60.000 Jahren. Und die, die vor 60.000 Jahren aus Afrika kamen, haben sich mit den Menschen vor Ort vermischt.
Das ist was ich glaube.

Denisova, nun kartographiert nach Geneintrag im modernen Menschen, verbunden mit der These herabgesetzter männlicher Fertilität, um das Muster der Vermischungen zu erklären (ähnlich wie beim Neanderthaler):

Thesen:

- Denisovan admixture into modern humans occurred after Neanderthal admixture
- There is more Denisovan ancestry in South Asians than expected from current models
- Denisovan ancestry has been subject to positive and negative selection after admixture
- Male infertility most likely occurred after modern human interbreeding with Denisovans

The Combined Landscape of Denisovan and Neanderthal Ancestry in Present-Day Humans

Kürzlich ging durch die englischsprachige Presse, dass der Neandertaler ausgestorben ist, weil er im Gegensatz zum Jetztmenschen nicht in der Lage gewesen sein soll, passende Kleidung herzustellen [1].

Nun wurde die bislang älteste Nadel der Welt (50.000 Jahre alt) in der Denisova-Höhle in der selben Schicht wie die Denisova-Überreste gefunden [2].

Am fehlenden Nähzeug wird es also doch nicht gelegen haben


[1] How Parka jackets saved early humans from the chilly fate of the Neanderthals
[2] World's oldest needle found in Siberian cave that stitches together human history

Die Untersuchungsmethoden werden immer weiter verfeinert.

Nun wurden in verschiedenen Sediment-Layern DNA von Denisowa und Neandertaler entdeckt, ohne Knochenfunde in den Höhlen zu haben. Interessant sind auch die Abbildungen, die das plastisch/verständlich aufbereiten:

Neandertal and Denisovan DNA from Pleistocene sediments | Science

NEWS

Überreste eines vierten Denisowa-Menschen sind nun zugeordnet worden, wie ein Aufsatz in der Science Advances berichtet. Die DNA des Fundstückes von 1984 (Denisova 2) ist jetzt abschöießend untersucht worden.


Presse
Alte DNA: Denisova-Mädchenzahn belegt lange Siedlungsgeschichte - Spektrum der Wissenschaft
Fourth Denisovan Fossil Found - Archaeology Magazine

Aufsatz:
A fourth Denisovan individual | Science Advances

Abstract
The presence of Neandertals in Europe and Western Eurasia before the arrival of anatomically modern humans is well supported by archaeological and paleontological data. In contrast, fossil evidence for Denisovans, a sister group of Neandertals recently identified on the basis of DNA sequences, is limited to three specimens, all of which originate from Denisova Cave in the Altai Mountains (Siberia, Russia). We report the retrieval of DNA from a deciduous lower second molar (Denisova 2), discovered in a deep stratigraphic layer in Denisova Cave, and show that this tooth comes from a female Denisovan individual. On the basis of the number of “missing substitutions” in the mitochondrial DNA determined from the specimen, we find that Denisova 2 is substantially older than two of the other Denisovans, reinforcing the view that Denisovans were likely to have been present in the vicinity of Denisova Cave over an extended time period. We show that the level of nuclear DNA sequence diversity found among Denisovans is within the lower range of that of present-day human populations.

Eine weitere Studie bietet nun ein komplettes Modell für die HSS-, HSN- und Denisova-Stämme.

Der Beitrag ist derzeit noch im freien download in der early edition der PNAS verfügbar:
http://www.pnas.org/content/early/2017/08/01/1706426114.abstract

Die Neanderthal-Populationsstärke soll demnach auch bislang unterschätzt worden sein. Bisherige Annahmen über den Genfluss vom HSN in den eurasischen HSS wurden bestätigt.

Abstract:
Extensive DNA sequence data have made it possible to reconstruct human evolutionary history in unprecedented detail. We introduce a method to study the past several hundred thousand years. Our results show that (i) the Neanderthal–Denisovan lineage declined to a small size just after separating from the modern lineage, (ii) Neanderthals and Denisovans separated soon thereafter, and (iii) the subsequent Neanderthal population was large and deeply subdivided. They also (iv) support previous estimates of gene flow from Neanderthals into modern Eurasians. These results suggest an archaic human diaspora early in the Middle Pleistocene.

Presse, zB
https://www.eurekalert.org/pub_releases/2017-08/uou-nla080217.php

Und aktuell zur Vermischung von HSS/HSN vermutlich im Gebiet des Nahen Ostens aus der aktuellen GBE, im open access:

Apparent Variation in Neanderthal Admixture among African Populations is Consistent with Gene Flow from Non-African Populations | Genome Biology and Evolution | Oxford Academic

Presse:
How Neanderthals influenced human genetics at the crossroads of Asia and Europe - HeritageDaily - Heritage & Archaeology News

Nun die mehrmalige Vermischung von HSS und Denisova-Stämmen:

Presse:
Our ancestors mated with the mystery ‘Denisovan’ people – twice
Modern Humans and Denisovans May Have Interbred Twice - Archaeology Magazine

(der Artikel in der Cell scheint noch nicht online gestellt zu sein)

Neues zum "Beitrag" des Denisova zum Genpool heutiger Menschen:
Cell Biology, open access,
Analysis of Human Sequence Data Reveals Two Pulses of Archaic Denisovan Admixture


summary, übersetzt ~DeepL
Anatomisch moderne Menschen haben sich mit Neanderthalern und einer verwandten archaischen Population, den Denisovan-Meschen, gekreuzt. Genome von mehreren Neandertalern und einem Denisovan wurden sequenziert, und diese Referenzgenome wurden verwendet, um introgressiertes genetisches Material in heutigen menschlichen Genomen nachzuweisen.

Segmente der Introgression können auch ohne Verwendung von Referenzgenomen detektiert werden, was für die Suche nach introgressierten Segmenten, die weniger eng mit den sequenzierten archaischen Genomen verwandt sind, von Vorteil sein kann. Wir wenden eine neue referenzfreie Methode zum Nachweis archaischer Introgression auf 5.639 Genomsequenzen aus Eurasien und Ozeanien an.

Nachzuweisen ist die DenisovaAbstammung in Populationen aus Ost- und Südasien und Papuans. Denisova-Abstammung besteht aus zwei Komponenten mit unterschiedlicher Ähnlichkeit zum sequenzierten Altai Denisova-Individuum.

Dies deutet darauf hin, dass mindestens zwei verschiedene Fälle von Denisova-Beimischung in den modernen Menschen aufgetreten sind, aus unterschiedlichen Denisova-Populationen, die verschiedene "Verwandtschaft" mit dem sequenzierten Altai-Denisova hatten.


Interessanterweise erschien das nun in den nature-news. Für die Presse offenbar "kein Futter", weil mit Denisowa wenige etwas anfangen können. Dafür gibt es seit Tagen eine Welle zur Neanderthaler-Nase.

Überblick offener Fragen bei Denisowa, Neanderthaler & Co.
Outstanding questions in the study of archaic hominin admixture
Artikel im open access der PLOS.one

abstract:
Die vollständige Sequenzierung von archaischen und modernen menschlichen Genomen hat die Erforschung der menschlichen Geschichte und Evolution revolutioniert. Die Anwendung der Paläogenomik hat Fragen beantwortet, die über den Rahmen der Archäologie hinausgingen - eine Mischung zwischen archaischen und modernen Menschen. Trotz der bemerkenswerten Fortschritte bei der Erforschung der archaisch-modernen menschlichen Beimischung bleiben viele Fragen offen. Hier werden einige dieser Fragen beleuchtet, wie häufig archaisch-moderne menschliche Beimischungen in der Geschichte waren, inwieweit Drift und Selektion für den Verlust und die Beibehaltung von introgressed Sequenzen in modernen menschlichen Genomen verantwortlich sind und wie überlebende archaische Sequenzen menschliche Phänotypen beeinflussen.

The complete sequencing of archaic and modern human genomes has revolutionized the study of human history and evolution. The application of paleogenomics has answered questions that were beyond the scope of archaeology alone—definitively proving admixture between archaic and modern humans. Despite the remarkable progress made in the study of archaic–modern human admixture, many outstanding questions remain. Here, we review some of these questions, which include how frequent archaic–modern human admixture was in history, to what degree drift and selection are responsible for the loss and retention of introgressed sequences in modern human genomes, and how surviving archaic sequences affect human phenotypes

Nun weitergehend eine Publikation zum Denisova-Neanderthaler-Mix in den Nature Letters:
The genome of the offspring of a Neanderthal mother and a Denisovan father

Deutsche Spektrum der Wissenschaft:
Fossile DNA: Halb Neandertaler, halb Denisova-Mensch

Sendung:
Neuer Denisovaner-Fund - Prähistorisches Date mit den Neandertalern

In der Höhle, in der Reste des "Denisova-Hybriden" aus Beitrag #73 gefunden wurden ("Denny", mit Neanderthal-Mutter und Denisova-Vater), haben Untersuchungen von Wissenschaftlern des Max-Planck-Institutes offenbar Nachweise für 4 weitere Denisovas (bzw. "Hominide") entdeckt.

Denisovan hybrid cave yields four more hominin bones

Wie sieht es denn nun aus mit der Theorie des multiregionalen Ursprungs? Von Gewissheit oder "Alternativlosigkeit" kann im Zusammenhang mit der Out-of-Africa-Theorie keine Rede mehr sein. Die schon etwas länger bekannten Dmansi-Funde (1.8 Mio. Jahre) sprechen ja schon mal für einen möglichen eurasischen Ursprung des Homo erectus.

Hier mal ein kleiner Überblick der neueren Erkenntnisse:
Three new discoveries in a month rock our African origins

Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup L3 basic lineages migrated back to Africa from Asia around 70,000 years ago.

Ancient Eurasian DNA sequencing is revealing links with modern humans

Eine Übersicht der MPG zu dem Nature-Aufsatz vom Juli 2018, der die Fäden zusammenzuführen versucht:
Der "generalistische Spezialist" – Was den Homo sapiens von anderen Homininen trennte

Ausführlicher auf der Basis der Publikation:
The Last Hominin Standing

Ansonsten lesenwert ist die von Schwartz editierte Publikation, eine Aufsatzsammlung, die sich von verschiedenen Aspekten den Theorien nähert: Rethinking Human Evolution

Ein sehr interessanter Ansatz, demnach bestünde die Möglichkeit das Homo sapiens ursprünglich keine einheitliche Art war, sondern ein Mix aus geeigneteten Homininen ist. Für Europa ist bereits der Neandertaler nachgewiesen, für Tibet und Ozeanien der Denisova-Mensch. Wir Europäer haben unsere helle Haut und die glatten Haare vom HN, die Tibeter ihre Höhentoleranz vom Denisova-Menschen. Das es unter den Ozeanern auch Menschen mit hellem Haar gibt könnte wieder auf den admix des HN mit dem Denisova hinweisen, oder auch nicht?
Jdenfalls geht aus dem Aufsatz "Three new discoveries in a month rock our African origins " hervor das sich die verschiedenen Menschenarten bereits in Afrika vermischt haben. Was einen auch nicht wirklich verwundert, schließlich haben sich alle Menschen unserer Zeit auch grenzenlos vermischt.

In der Nature sind diese Woche einige Neuigkeiten zum Denisova-Menschen publiziert.

Die Presse fasst das zusammen:
Deep history of archaic humans in southern Siberia

daraus (~ DeepL)
Die neuen Studien zeigen, dass die Höhle von Denisova-Menschen vor mindestens 200.000 Jahren besetzt war, mit Steinwerkzeugen in den tiefsten Ablagerungen, die darauf hindeuten, dass die menschliche Besiedlung bereits vor 300.000 Jahren begonnen haben könnte. Neandertaler besuchten die Stätte vor 200.000 bis 100.000 Jahren, mit "Denny", dem Mädchen gemischter Abstammung, und zeigten, dass sich die beiden Gruppen von Homininen vor etwa 100.000 Jahren getroffen und vermischt haben.
Die meisten Nachweise für Neandertaler in der Denisova-Höhle stammen aus der letzten Zwischeneiszeit vor etwa 120.000 Jahren, als das Klima noch relativ warm war, während die Denisovas auch viel kältere Perioden überlebten, bevor sie vor etwa 50.000 Jahren verschwanden.
Der moderne Mensch war zu diesem Zeitpunkt in anderen Teilen Asiens präsent, aber die Art der Begegnungen zwischen ihm und Denisovans bleibt offen für Spekulationen, da es keine fossilen oder genetischen Spuren des modernen Menschen an diesem Ort gibt.


Publikationen in der Nature:
Insights from genomes into the evolutionary importance and prevalence of hybridization in nature
Age estimates for hominin fossils and the onset of the Upper Palaeolithic at Denisova Cave
Timing of archaic hominin occupation of Denisova Cave in southern Siberia

derzeit alles noch hinter paywall.

Es werden also keine neuen Erkenntnisse dazu gebracht, wie die spezifischen "Denisova-Einträge" in Populationen Ostasiens und Ozeaniens zeitlich einsortiert werden können. Die Nature-Artikel befassen sich mit der Vorgeschichte.

Und hier ein deutscher Presseartikel mit Link zur Nature-Veröffentlichung frei ohne Paywall (wahrscheinlich zeitlich begrenzt): Urgeschichte: Neandertaler und Denisova-Menschen nutzten über Jahrtausende die selbe Höhle - SPIEGEL ONLINE - Wissenschaft

Auf der anstehenden Tagung der American Association of Physical Anthropologists in Cleveland/Ohio soll der weltweit erste bestätigte Fund von Schädelfragmenten eines Denisova-Menschen bekannt gegeben werden. (eine frühere vermutete Zuordnung eines Fundes in China konnte genetisch nicht bestätigt werden).
Scientists Just Confirmed The Discovery of The First Ever Denisovan Skull Fragments

Das komplette Genom eines HSD wurde aus einem Fingerknochen-Fragment rekonstruiert.
Genetik: Denisova-Mensch lebt bis heute in unserem Erbgut - WELT