Es gibt bei Wikipedia einen Artikel über Romulus und Remus, wobei auch über die Bedeutung von Lupa spekuliert wird; ihr könnt ja mal reinschauen:
http://de.wikipedia.org/wiki/Romulus_und_Remus
Als nächstes habe ich mir mal den Mommsen (Römische Geschichte angeschaut) angeschaut, was der so dazu sagt. Er bezeichnet die Gründungssage als "jung und schlecht [...] erfunden", aber nicht nur, weil der (griechische) Heroenkult den (alten) Römern fremd gewesen wäre: schon allein "die ganz unrömische Verwandlung des Königs Romulus in den Gott Quirinus" zeige das.
Das hat mich nachdenklich gestimmt, zudem es ein altrömisches Fest gibt, das mit der Lupa als Liebesgöttin (so im angegebenen Link behauptet) im Zusammenhang steht (Lupercalia zum Ende des römischen Jahres zu Ehren des Hirtengottes Faunus).
Beim entsprechenden Festritual spielt auch ein Zwillingspaar eine wichtige Rolle (vgl.
http://de.wikipedia.org/wiki/Lupercalien).
In der altrömischen Religion spielt des weiteren Mars eine sehr viel bedeutendere Rolle als Jupiter; schließlich finden zu seinen Ehren nicht nur zu Beginn des römischen Jahres Feste statt. Auffällig ist aber auch, daß für Quirinus, seinen "Doppelgänger" (Mommsen), nur ein Fest (Quirinalia) stattfindet, das übrigens am selben Tag wie Lupercalia gebangen wird: am 17. Feb.
An anderer Stelle spricht Mommsen auch von einem "zweifachen Marscult auf dem Palatin und dem Qurinal", womit das Vorhandensein der Marspriester (Springer/Salii; Wölfe/Luperci) in doppelter Gemeinschaft - sowohl auf dem Quirinal wie auf dem Palatin - zusammenhängt.
Man könnte überlegen, ob das ganz alte Rom, die latinisch-sabinische Siedlung nicht einen anderen Gründungsmythos kannte, der eben mit einer Lupa als Liebesgöttin mit zwei Zwillingssöhnen namens Mars und Quirinus kannte.