Wie auch in andern Ländern Europas im Mittelalter gab es auch auf dem Schweizer Gebiet Verfolgungen von Juden. 1348/49 wurden die jüdischen Einwohner in Zofingen, Bern, Zürich und Basel beschuldigt die Brunnen vergiftet und so die Pest verbreitet zu haben. Frauen und Männer wurden gefoltert und man erpresste ihnen Geständnisse heraus, daraufhin wurden sie öffentlich verbrannt. Den Obrigkeiten, die einerseits die ökonomische Nützlichkeit der jüdischen Bevölkerung erkannten und auch zu schätzen wussten, kamen solche regelmässig wiederkehrende Judenverfolgungen gelegen, weil sie auf diese Weise ihre Schulden bei den jüdischen Geldgebern streichen konnten. Zuweilen versuchten die Machthaber auch Ausschreitungen zu vermeiden, mussten dann aber den fanatisierten Massen nachgeben, so 1348/49 in Zürich, Basel und in der Umgebung der Kyburg. In Montreux, Bern, Zofingen und Solothurn gab es regelrechte Vernichtungsprozesse gegen Juden
Im Laufe des 14. Und 15. Jahrhunderts wurden die Juden aus fast allen schweizerischen Städten vertrieben. Das Zinsverbort für die Christen wurde aufgehoben und somit waren sie als Geldleiher entbehrlich geworden. In der älteren Forschung ging man noch davon aus, das ab Mitte des 15. Jahrhunderts bis zur Mitte des 17. Jahrhunderts keine Juden mehr in der Eidgenossenschaft lebten. Dies wurde aber durch neue Forschungen widerlegt. Die Juden lebten nicht mehr in den Städten sondern auf dem Land.
Im 17. Und 18. Jahrhundert hatten die Juden offiziell nur in den beiden „Judendörfer“ Lengnau und Obererendingen die Möglichkeit sich Niederzulassen. Beide Dörfer werden in den Quellen erwähnt, das eine 1633 und das andere 1678. Sie hatten nicht das Recht Boden zu besitzen und erhielten auch nur das beschränkte Niederlassungsrecht, dies war jeweils auf 16 Jahre beschränkt. Sie durften nur wenige Berufe ausüben und waren zu Leibzollabagben verpflichtet.
Ab 1797 lebten auch wieder einzelne jüdische Familien in den Städten, Basel, Bern, Waadt, Neuenburg und Genf. Das waren zum grössten Teil elsässische Juden, die den Status eines französischen Bürgers hatten. 1826 wurde die Kleinstadt Avenches zeitweise zur grössten jüdischen Gemeinde in der Schweiz. In der deutschen Schweiz wurde 1859 in Baden die erste jüdische Kultusgemeinde ausserhalb Surbtals (Lengnau und Obererendingen) gegründet.
Noch ein Wort zu den beiden „Judendörfer“ in den Surbtaler Gemeinden. Die eidgenössischen Orte verfolgten mit der Duldung von jüdischen Einwohnern zwei Ziele: die Belebung des Handels an der Messe von Zurzach und die Erhebung des Leibzolls für Juden an allen Grenzübergengen und Zollstellen. In den beiden Dörfern lebten aber immer auch Christen und diese bildeten die Mehrheit. Seit Mitte des 17. Jahrhunderts forderten die in der Grafschaft Baden lebenden Christen mindestens sechsmal die Vertreibung der Juden. Dies wurde von der Obrigkeit aus finanziellen Interessen immer wieder verhindert. Sie wollten nicht auf die Einnahmen der Judensteuern verzichten. 1802 kam es dann zu einem Plünderungszug der Christen gegen die Surbtaler Juden. Dieser ging mit dem harmlosen Namen „Zwetschgenkrieg“ oder „Bändelikrieg“ in die Geschichte ein.
Erst mit der Revision der Bundesverfassung 1866 durften sich die Juden überall Niederlassen und sie waren nun auch vor dem Gesetze gleich. Die Glaubens- und Gewissensfreiheit bekamen sie aber erst bei der Totalrevision 1874. 1893 wurde das Schächten verboten.
Nach der politischen Emanzipation folgten nun eine kulturelle Assimilation der Juden an das städtische Leben. In dieser Zeit keimte vom Konkurrenzdenken angespornte Antisemitismus auf. Den Juden die erfolgreich im städtischen Handel und Gewerbe tätig waren, lastete man nun die Schuld an den Modernisierungsschüben an. Nach 1917 konnte man den Juden das doppelte Feindbild des Kapitalisten und Bolschewisten anhängen und pflegen. In den zwanziger Jahren herrschte in gewissen Kreisen des öffentlichen Lebens der Schweiz ein virulenter Antisemitismus, der hausgemacht und nicht Folge einer Ansteckung aus Deutschland war. Denn anders als in Deutschland wurden in der Schweiz der zwanziger und dreissiger Jahre gesamthaft gesehen keine politischen Karrieren auf antisemitischer Politik aufgebaut.
Im Laufe des 14. Und 15. Jahrhunderts wurden die Juden aus fast allen schweizerischen Städten vertrieben. Das Zinsverbort für die Christen wurde aufgehoben und somit waren sie als Geldleiher entbehrlich geworden. In der älteren Forschung ging man noch davon aus, das ab Mitte des 15. Jahrhunderts bis zur Mitte des 17. Jahrhunderts keine Juden mehr in der Eidgenossenschaft lebten. Dies wurde aber durch neue Forschungen widerlegt. Die Juden lebten nicht mehr in den Städten sondern auf dem Land.
Im 17. Und 18. Jahrhundert hatten die Juden offiziell nur in den beiden „Judendörfer“ Lengnau und Obererendingen die Möglichkeit sich Niederzulassen. Beide Dörfer werden in den Quellen erwähnt, das eine 1633 und das andere 1678. Sie hatten nicht das Recht Boden zu besitzen und erhielten auch nur das beschränkte Niederlassungsrecht, dies war jeweils auf 16 Jahre beschränkt. Sie durften nur wenige Berufe ausüben und waren zu Leibzollabagben verpflichtet.
Ab 1797 lebten auch wieder einzelne jüdische Familien in den Städten, Basel, Bern, Waadt, Neuenburg und Genf. Das waren zum grössten Teil elsässische Juden, die den Status eines französischen Bürgers hatten. 1826 wurde die Kleinstadt Avenches zeitweise zur grössten jüdischen Gemeinde in der Schweiz. In der deutschen Schweiz wurde 1859 in Baden die erste jüdische Kultusgemeinde ausserhalb Surbtals (Lengnau und Obererendingen) gegründet.
Noch ein Wort zu den beiden „Judendörfer“ in den Surbtaler Gemeinden. Die eidgenössischen Orte verfolgten mit der Duldung von jüdischen Einwohnern zwei Ziele: die Belebung des Handels an der Messe von Zurzach und die Erhebung des Leibzolls für Juden an allen Grenzübergengen und Zollstellen. In den beiden Dörfern lebten aber immer auch Christen und diese bildeten die Mehrheit. Seit Mitte des 17. Jahrhunderts forderten die in der Grafschaft Baden lebenden Christen mindestens sechsmal die Vertreibung der Juden. Dies wurde von der Obrigkeit aus finanziellen Interessen immer wieder verhindert. Sie wollten nicht auf die Einnahmen der Judensteuern verzichten. 1802 kam es dann zu einem Plünderungszug der Christen gegen die Surbtaler Juden. Dieser ging mit dem harmlosen Namen „Zwetschgenkrieg“ oder „Bändelikrieg“ in die Geschichte ein.
Erst mit der Revision der Bundesverfassung 1866 durften sich die Juden überall Niederlassen und sie waren nun auch vor dem Gesetze gleich. Die Glaubens- und Gewissensfreiheit bekamen sie aber erst bei der Totalrevision 1874. 1893 wurde das Schächten verboten.
Nach der politischen Emanzipation folgten nun eine kulturelle Assimilation der Juden an das städtische Leben. In dieser Zeit keimte vom Konkurrenzdenken angespornte Antisemitismus auf. Den Juden die erfolgreich im städtischen Handel und Gewerbe tätig waren, lastete man nun die Schuld an den Modernisierungsschüben an. Nach 1917 konnte man den Juden das doppelte Feindbild des Kapitalisten und Bolschewisten anhängen und pflegen. In den zwanziger Jahren herrschte in gewissen Kreisen des öffentlichen Lebens der Schweiz ein virulenter Antisemitismus, der hausgemacht und nicht Folge einer Ansteckung aus Deutschland war. Denn anders als in Deutschland wurden in der Schweiz der zwanziger und dreissiger Jahre gesamthaft gesehen keine politischen Karrieren auf antisemitischer Politik aufgebaut.