Äh... nein, der Glaube war nicht verboten. Die meisten NS-Granden waren nominell katholisch (wobei sie in protestantischen Gegenden mehr Anhänger hatten) und natürlich wurden auch kirchliche Würdenträger jeglicher Konfession, die sich ns-kritisch zeigten, drangsaliert und bedroht, teilweise auch ins KZ gesteckt und ermordet. Besonders wurden die Zeugen Jehovas (damals "Bibelforscher") verfolgt.
Es gab - vereinzelt - Versuche, die Wurzeln des Christentums zu europäisieren: Die Diskrepanz für den rassistischen Antisemitismus im christlichen Gewand war ja, dass Jesus ausgerechnet Jude war. Um den Rassenantisemitismus mit dem Christentum zu harmonisieren erklärten einige Rassetheoretiker, dass die Galiläer, zu dieser Gruppe gehörte Jesus, eigentlich Gallier (also Kelten) und damit keine Juden seien.
Zwischen dem Vatikan und dem Dritten Reich gab es ein Konkordat, welches das Verhältnis beider Staaten zueinander regelte. Die Kirche wird dafür häufig kritisiert, dabei war dieses Konkorat im Grunde ein relativ normaler Vertrag zwischen zwei Staaten, der letztendlich nur die freie Religionsausübung für die Katholiken garantierte und dass Priester und Ordensleute in ihrer Arbeit nicht gehindert würden.
Eine wohl eher kuriose Nebenerscheinung - aus christlicher Sicht eine klare Häresie - war, dass sich wohl das Gebet nicht für sondern an Hitler bei einigen Menschen etablierte.
Was die Nazis durchaus wollten, war die Überwindung der konfessionellen Spaltung (weshalb konfessionelle Vereine und Bünde im Laufe der Zeit gezwungen wurden, sich überkonfessionell zu öffnen, später wurden sie aber meist als Konkurrenzveranstaltungen zu den Parteiorganisationen, etwa der HJ oder dem BdM, ganz verboten).
Für die Zeit nach dem Endsieg war zudem eine Zerstreuung der ns-kritischen bäuerlich-katholischen Bevölkerung Westfalens und des Emslandes gepant. Die hatten sich zu renitent gezeigt.