Ganz grundlegend würde ich erst einmal von (katholischer) Konfessionalisierung reden, und nicht von Gegenreformation - insbesondere wenn es sich um ein Referat an der Uni handelt. "Gegenreformation" ist mittlerweile ein eher veralteter Begriff bzw. ist zusammen mit der "katholischen Reform" im Begriff der "Konfessionalisierung" aufgegangen.
Absolut zentraler Dreh- und Angelpunkt ist ganz richtig das Konzil von Trient. Hier wurden die entscheidenden Beschlüsse gefasst, um aus der mittelalterlichen katholischen Kirche die katholische Konfessionskirche der Frühen Neuzeit zu machen, inklusive den verschiedenen Instrumentarien für eine offensive Antwort auf die protestantische Bedrohung der römischen Kirche. Der Jesuitenorden als wichtigster Orden für diese Aufgabe ist ja auch schon genannt.
Geht es um die Vorgänge im Reich muss der Augsburger Religionsfrieden die Grundlage für die weitere Annäherung an das Thema darstellen (der Schmalkaldische Krieg kann in dem Kontext eigentlich ausgeblendet bleiben). Die Reichspolitik wird in der Folge zunehmend stärker belastet von eigentlich kleineren um die Konfession kreisenden Konflikten, die aber mehr und mehr die Funktionsfähigkeit des Reiches eingrenzen und schließlich die Reichsinstitutionen blockieren. Wegmarken können hier sein: Magdeburger Sessionsstreit (seit 1582), Kölnischer Krieg (1583-1585), Straßburger Kapitelstreit (1583-1604), Aachener Händel (1582-1598), Vierklosterstreit (1590er Jahre), Konflikt um Donauwörth (1606-1609). 1608 bzw. 1613 muss der Reichstag seine Handlungsunfähigkeit konstatieren, 1608 bzw. 1609 entstehen auch formell konfessionellen Bündnisse, in denen sich beide Lager unversöhnlich gegenüberstehen.
Wichtiger als diese Ereignisse scheinen mir aber im Kontext von Gegenreformation bzw. (katholischer) Konfessionalisierung die damit einhergehenden strukturellen Veränderungen: Einschwörung des Klerus und der Beamtenschaft als zentrale Multiplikatoren auf die "richtige" Konfession, Entstehung konfessioneller Identitäten zur inneren Verfestigung von Territorien oder Sozialgruppen und Ausgrenzung fremdkonfessioneller Gläubiger, Sicherung des "richtigen" Glaubens auch im Denken und Handeln jedes einzelnen Untertanen. Wichtige Stichworte mögen hier Klerusreform, konfessionelles Bildungs- bzw. Universitätswesen und Visitationen sein. Auch die Sicherung der süd- und der nordwestdeutschen Bistümer für den katholischen Glauben (im Gegensatz zu den Bistümer im Osten des Reiches) ist sicherlich ein wichtiger Erfolg gegenreformatorischen Bemühens. Vielleicht könnte noch ein verstärkter Zentralismus im Katholizismus erwähnt werden, sowohl im Papsttum wie auch auf Ebene der Bischöfe. Die päpstlichen Nuntiaturen im Reich gehören auch in diesen Kontext. Klosterreformen fallen mir auch noch ein, die die katholische Religiosität befördern halfen, z.T mit Ordensneugründungen (z.B. Kapuziner (Jesuiten sind kein klösterlicher Orden)).
Soll der Blick über das Reich hinausgehen, gestaltet sich die Entwicklung allerdings je nach Land recht unterschiedlich.