Ich denke, es gab immer beides. Gerade bei den Habsburgern trifft man unter Ferdinand II. auch bei Hofe eine starke Partei an, die lieber das Gewonnene aufs Spiel setzte indem man durchs Restitutionsedikt Sachsen in die Arme Schwedens trieb, statt am überkonfessionellen Bündnis mit Johann Georg I. festzuhalten. Auf sächsischer Seite scheint es mir keine Probleme mit einem Bündnis mit dem Kaiser bestanden zu haben, da dieser wenngleich Katholik immerhin auch Reichsoberhaupt war und somit argumentativ gewissermaßen den protestantischen Mächten überlegen. Das von Gustav Adolph den eroberten Städten hingegen abverlangte Treuegelöbnis kam einer Art Verrat an Kaiser und Reich gleich. Wie sich die protestantischen Städte dazu bereit fanden, verdeutlicht aber vielleicht auch ganz gut wie sie sich von Ferdinand verprellt fühlten.In der Politik haben politische Erwägungen Vorrang vor moralischen und konfessionellen, das hat schon Machiavelli erkannt, und das war auch den Akteuren im Dreißigjährigen Krieg klar.
Interessant fand ich bei einem Symposium vor etwa 2 Wochen den Hinweis, dass es für den Kaiser ein Erfolg gewesen sei, dass der französische König nicht Reichsstand wurde. Man sollte ja eigentlich annehmen, dass das Herauslösen des Großteils vom Elsass aus dem Reichsverband dem Anspruch des Kaisers bei jeder Wahl als Mehrer des Reiches enorm widersprach. Kurzfristig oder kurzsichtig(?) betrachtet aber, bedeutete dieser Schachzug für Ferdinand III., dass er somit die Macht des franz. Königs auf dem Reichstag auf eine Zuschauerrolle begrenzte. Wenn dem so ist, verdeutlicht das andererseits aber auch, die Bedeutung, die man damals noch der Institution Reichstag beimaß.
Kein Wunder vielleicht, denn das Lahmlegen bzw. Ignorieren von Reichstagsbeschlüssen fand ja erst im späteren 17.Jh. statt. Auch wusste man 1648 sicher noch nicht, dass es einen Immerwährenden Reichstag geben würde.