Er nahm drei Tage lang weder Speisen noch Getränke zu sich und ordnete eine reichsweite Trauer an. Das heilige Feuer, das in den iranischen Heiligtümern für den Großkönig brannte, sollte bis zur Beisetzung gelöscht bleiben, als sei er selbst gestorben. Alexander schickte Gesandte in die Oase Siwa, die bei seinem „Vater“ Zeus-Ammon anfragen sollten, ob er gestatte, Hephaistion als Gott zu verehren, was die Priester des Gottes aber verneinten[49]. Der Gott gestehe ihm nur einen Heroenkult zu. Darüber freute sich Alexander sehr und ehrte Hephaistion auf diese Weise[50]. Doch scheinen die beiden Heroentempel in Alexandria, einer auf dem Festland, der andere auf der Insel Pharos dort, wo auf dieser der weltberühmte Leuchtturm stand, nicht mehr vollendet worden zu sein. Letztere Kultstätte „sollte von besonders großen Ausmaßen und auffallender Pracht sein, ja er (sc. Alexander) wollte, dass die Benennung der Insel selbst nach Hephaistion zur offiziellen werde. Auch alle Vertragsurkunden, mit denen die Kaufleute ihre gegenseitigen Geschäfte besiegeln, sollten den Namen Hephaistions tragen“[51]. Der Leichnam wurde sorgfältig einbalsamiert. Perdikkas erhielt den Auftrag, ihn nach Babylon zu überführen, wo er im folgenden Jahr öffentlich verbrannt und die sterblichen Überreste beigesetzt werden sollten[52].
Für den Bau eines monumentalen Grabmals in Form einer babylonischen Stufenpyramide mit fünf Geschossen und die Durchführung der Leichenspiele wurde die Summe von 10.000 Talenten veranschlagt[53]. Die Stelle eines Chiliarchen, die für Hephaistion geschaffen worden war, wurde nach seinem Tod nicht wieder besetzt, „damit der Name nicht aus dem Schematismus der Führungsstellen getilgt würde