1807 muss Spanien im Vertrag von Fontainebleau den Franzosen Durchmarschrechte zugestehen. Napoléon gelingt es so, Portugal zu besetzen, General Junot erobert Lissabon. Die königliche Familie flieht nach Brasilien, Rio de Janeiro wird neuer Regierungssitz.
Die erste Invasion von Junot 1808 war zunächst erfolgreich, bis ein britisches Expeditionscorps von 13.000 Mann unter dem Befehl des britische Generals
Arthur Wellesley, des spätere Herzog von Wellington, in Portugal landete. Den Briten gelang es schnell, den Franzosen eine Reihe von Niederlagen beizubringen. General Junot und seine Männer müssen sich aus Portugal zurückziehen.
1809 versuchten es die Franzosen erneut, diesmal war es Marschall de Dieu Soult, der von Galicien kommend nach Portugal einmarschierte. Die britisch-portugiesischen Truppen stehen zunächst unter dem Befehl von
William Carr Beresford, später erneut unter dem Befehl von Arthur Wellesley, der, als er von der neuen Invasion gehört hatte, nach Portugal zurückgekehrt war. Mit dem
Sieg von Talavera de la Reina über die Franzosen (
27./28. Juli 1809) war die zweite Invasion beendet.
Im August 1810 versuchten es die Franzosen zum dritten Mal, diesmal besetzten die Marschälle Massena, Ney und Junot die Provinz Beira. Wellington besiegte sie am 27. September 1810 in der Schlacht von Buçaco, nahe Coimbra. Die Engländer und Portugiesen hatten die Zeit genutzt, um bei
Torres Vedras, nördlich von Lissabon, eine befestigte Verteidigungslinie auszuheben. Die französische Invasion wird an dieser Linie aufgehalten, die Franzosen erleiden große Verluste, nach der Niederlage von Sabugal (3. April 1811) müssen sie sich endgültig aus Portugal zurückziehen, das Land war damit befreit.
Offiziell endet der Krieg jedoch erst mit der französischen Niederlage in der Schlacht von
Toulouse, 1814.
Das Ergebnis des Krieges war ein Desaster für Portugal. Der Aufbau der Industrialisierung war gestoppt. Das Land durch die Taktik der verbrannten Erde, die sowohl die Franzosen als auch die Engländer angewandt hatten, verwüstet.