Darüber gibt es einen ausführlichen Bericht (noticias secretas de America) von Jorge Juan, einen bekannten spanischen Seemann und Wissenschaftler (
http://en.wikipedia.org/wiki/Jorge_Juan_y_Santacilia), gemeinsam mit seinem Kollegen Antonio de Ulloa (
http://en.wikipedia.org/wiki/Antonio_de_Ulloa) verfasst.
Ausgezeichnetes Bauholz gab es demnach auch in Guayaquil, im heutigen Ecuador. Dort sind im 18. Jahrhundert auch Schiffe gebaut und von dort auch Holz zu el Callao und anderen Häfen gebracht worden. Um 1744 gab es dort kurioserweise einen schwarzen Schiffsbaumeister, so wie auch die meisten Arbeiter "Castas" waren, also Schwarze und Mulatten.
Daneben, wie von dir erwähnt, gab es gutes Holz im Süden Chiles so wie auch auf der Insel von Juan Fernandez.
Ebenso an der Küste des heutigen Kolumbiens und in Mittelamerika. Das Holz soll aber nicht ganz so hochwertig wie das aus Guayaquil gewesen sein. Dort wie auch in Havanna wurde Zeder verbaut, wobei das eigentlich eine Art Mahagoni ist die nicht mit der Libanesischen "echten" Zeder zu tun hat.
In El Callao wurden einge kleinere Schiffe gebaut und Reparaturen durchgeführt, mit Holz dass man aus anderen Gegenden heranschaffte.
Tauwerk und Werg zum Kalfatern wurde aus dem Philippinen importiert oder in Guayaquil aus Kokosfasern gedreht, was laut den erwähnten zeitgenössischen Autoren besser war (da preiswerter und haltbarer) als europäischer Hanf. Segeltuch wurde in Peru hergestellt.
Die Eisenteile stammten vollständig aus Europa. Erst im 19. Jahrhundert wurde am Rio de La Plata und in Paraguay Eisen gegossen, das war aber schon in der nachkolonialen Zeit.
Kleine Werften gab es in Chincha (Peru, südlich von El Callao) El Realejo (Neu Spanien, heute in Nicaragua) Atacames (auch Ecuador, nicht mit dem Wüstenort Atacama in Chile zu verwechseln). Seetüchtige Fischerboote aus Holz werden bis heute auf der Insel Chiloé gebaut.
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Für die Philippinen als Werftplatz spricht nicht nur das Tropenholz, sondern auch der sogenannte Manilahanf. Das Tauwerk war Seewasserresitenter als das normale Tauwerk. Und man konnte dort die komplette Infrastruktur aufbauen, welche für Werften nötig sind. Zum anderen lagen sie ja an einer Strategisch wichtigen Stelle, so das sich die Ansiedlung von vielen Europäern lohnte, um das Gebiet zu behaupten.
Abacá ? Wikipedia
Das ist soweit richtig, dass dort Holz und Hanf vorhanden waren und wie der o.e. Fund der San Diego belegt, sogar Kanonen gegossen wurden (jedoch relativ Minderwertig). Es gab eine wichtige Werft in Cavite bei Manila.
Du sprichst dabei aber gerade ein wichtiges Problem an: Die Spanischen Behörden haben nie eine größere Anzahl an spanischen Siedlern bewegen können, auf den Philippinen anzusiedeln. Deswegen war ihre Herrschaft über die Inseln nie so solide wie die in Amerika wo bald eine starke europäische Präsenz bzw. eine breite Mischgesellschaft entstand. Auf den Filippinen war es gefährlich und es gab relativ wenig zu holen, ausser für Händler im Handel mit China.
Erst im 19. Jarhundert gab es einen größeren Zuzug als dieses nicht mehr nach Amerika möglich war und die Dampfschifffahrt die Verbindung erheblich verkürzte. Darunter waren viele politische Deportierte. Dieser gesteigerte Zuzug hat zu neuen Spannungen geführt, was schliesslich zu Aufständen gegen die Metropole führte, bei denen sich auch viele der alteingesessenen spanischstämmigen "Isleños" beteiligten.