Halbwahrheiten kann man nicht widerlegen, man kann sie höchstens ergänzen, um ein schiefes Bild gerade zu rücken. Was Deschner vorgeworfen wird, ist ja nicht, dass er Geschichte erfände, sondern dass er nicht nach Gründen und Motiven fragt, Dinge unterschlägt und im Prinzip das Urteil schon vorher gesprochen hat also unausgewogen ist. Vor das Werturteil gehört das Sachurteil!
Natürlich kann man z.B. Kreuzzüge, Hexenverbrennung, Inquisition, das ein oder andere Konkordat erwähnen, bzw. man muss das sogar. Man sollte dabei aber nicht vergessen, dass etwa die Hexenverbrennung aus einem Mischmasch aus Teufelsglauben, Hysterie und Habgier mit wechselnden Anteilen bestand und von der Amtskirche eher abgelehnt wurde, dass die Inquisition im Mittelalter - bei allem Unschönen, was mir mit ihr verbinden - im Grunde einen Rechtsfortschritt bedeutete (etwas anderes ist die Spanische Inquisition), dass es innerkirchlich Kritiker der Kreuzzüge gab etc. pp. Wenn man das unterschlägt, muss man sich vorwerfen lassen, einseitig zu sein und keine historischen sondern ideologische Motivationen zu haben.